Am 30. Mai 1910 gründete Ludwig Auer gemeinsam mit seiner Frau die Pädagogische Stiftung Cassianeum. In sie brachte er sein gesamtes Vermögen, insbesondere die Wirtschaftsbetriebe, ein.

Bis zu seinem Tod am 28. Dezember 1914 leitete er die Stiftung selbst. In der Folgezeit trugen seine Söhne Ludwig und Alois, später seine Enkel Ludwig und Max die Verantwortung für die Geschicke der Stiftung.

Die Pädagogische Stiftung Cassianeum, Heilig-Kreuz-Straße 19, 86609 Donauwörth, ist eine rechtsfähige, gemeinnützige, kirchliche Stiftung des öffentlichen Rechts. Organe der Stiftung sind der Vorstand und der Stiftungsrat. Die Stiftungsaufsicht obliegt dem Bischof von Augsburg.

Zweck der Stiftung ist „die Förderung der Erziehung im Geist der katholischen Kirche und nach den gottgewollten Anforderungen der Zeit, und zwar der Familienerziehung, der Jugendförderung, der Schulbildung und der Fortbildung bis zur Selbsterziehung im Berufs- und Kulturleben, sowie die Denkmalpflege, insbesondere die Erhaltung der der Stiftung gehörenden Denkmäler der Kunst und Geschichte“. Der Stiftungszweck wird insbesondere verwirklicht durch „literarische Unternehmungen, Durchführung von pädagogischen und religionspädagogischen Maßnahmen, Unterhaltung eines Kindergartens, Instandsetzung (Unterhaltung und Pflege) der Kirche und der Gebäude des ehemaligen Klosters Heilig Kreuz“ in Donauwörth.